青海省的马姓起源主要有两类，一种是汉族马姓，从中原迁徙而来，还有就是少数民族改姓而得。

汉族马姓在战国末期的时候从河北邯郸迁到陕西关中地区（秦国将六国的贵族圈禁起来），之后从关中地区逐步繁衍，成为马姓的中心。两汉之后，马姓逐步扩展到甘肃、青海等地。如今甘肃、青海、宁夏等西北地区，马姓都是大姓。回族的马姓也是青海马姓的主要来源，马姓是回族的十三大姓之一。元朝时期，许多阿拉伯、波斯、突厥人来到中原，与当地的民族相互交融。当时这些人的名字翻译的时候都带个马字，如穆罕默德、艾哈迈德、马哈麻等，都被简化成马。