作者:子非鱼
转载请注明:解螺旋·临床医生科研成长平台
遥想当年,初遇细胞实验时,最让小编头疼的就是给细胞计数了。虽然计数板这个傻瓜式检测方法比较简单粗暴,但总会让人晕头转向、数到眼瞎,而且万一一个不小心被其他人打断了思路,分分钟前功尽弃,真是恨不得以头抢地尔。
然而各位小伙伴之所以觉得数细胞如此辛苦,是因为大家还没有掌握细胞计数的正确操作。此时,ImageJ这个大家耳熟能详的图像操作软件,携带着两大法宝,可快速将大家从数细胞这个大坑中解救出来。
法宝一:多点工具法
1. ImageJ打开一张需要计数的图片。
2.激活多点工具。其位置在点工具菜单里,右击点菜单,选择多点工具。
3.直接在图中点击目标即可,软件会自动在点旁边出现数字代表数量。
4: 双击点工具菜单,可以修饰点的形状(Type)、颜色(Color)、大小(Size)。但记住勾选 Label points。
5: 若点选错误,可以按住Alt,然后单击点,就会去除点,并且重新计数。
法宝二:阈值分割法
1. 将图像拖动到Image J工具箱中,点击Image >Type >8-bit ,将图片变为黑白图,细胞为白色,背景为黑色。
2. 反转图片,Edit>Invert,使得细胞为黑色,背景为白色。随后调整阈值, Image>Adjust>Threshold,通过阈值窗口中的滑块调节合适的阈值,将目标包含在阈值内。调节合适后,点击阈值窗口中的应用Apply,则调节好的区域就变成黑色区域。
3.Analyze>Analyze Particles。弹出窗口,Size表示设定以像素为单位的区域大小是我们想要计数的。勾选Display results(显示结果),Clear results,Summarize(总数)即可。也可以在Show下拉菜单选择Outlines,展示区域轮廓。
4.点击OK,弹出结果窗口,从中我们可以看到细胞总计数,也可以看到目标区域的整体面积,以及每个目标区的面积。
参考文献:Quick and Easy Automatic Cell Counting