DNA 聚合酶作为PCR反应的核心因素,扮演着至关重要的作用,从某种意义来讲PCR技术就是耐热聚合酶的技术。然而生物领域所使用的大部分是野生型的DNA 聚合酶,如大家熟悉的Taq DNA聚合酶、pfu DNA聚合酶等。因为酶分子自身的结构和功能都有限制,随着研究人员实验要求的提升和生物样本复杂性的提高,野生型DNA聚合酶的局限性也逐渐凸显出来,如扩增效率低,特异性差,高AT 或GC 含量样本扩增结果差,样本中或PCR 系统中有些抑制剂对反应有干扰等等。
Roche旗下Kapa Biosystems开发出了“定向进化(directed evolution technology platform)”专利技术,运用遗传、基因工程,生物信息学等分子水平上技术,实验室模拟和加速野生酶的进化过程,基因经过多轮的突变、筛选获得了一系列性能优异的工程酶,包括高保真聚合酶,多重 PCR 聚合酶,耐受 PCR 抑制的聚合酶。 2018 年的诺贝尔化学奖授予了这项技术的发明者-----Frances Arnold。
图1:Kapa“定向进化“技术流程
“定向进化”包含以下几个步骤:
对野生酶的编码基因序列进行随机变异,产生一个约包含上亿个变种序列的文库。
构建变种序列质粒载体转染到大肠杆菌中,每个单克隆都被包裹在一个微小的液滴中进行孵育和表达,高通量的获得一系列按照不同变种序列翻译而来的变种酶。
施加各种生存压力(如高温、抑制剂、低容错等等)至反应体系,选择性地筛选出最适应压力环境的变种酶。
循环往复地重复上述步骤,每次选出相对最好的酶进行下一轮进化,来不断优化和提升酶的特定性能,直至满足相应的应用。
这些方法看上去貌似普通,但是进化的成果却不容小觑。接下来我们就看看这“定向进化”的功力吧
KAPA 2G FAST DNA聚合酶
便是KAPA 通过“直接进化”技术生产的第二代工程酶之一,兼具了扩增速度和灵敏度。
----延伸时间缩短至1 sec/kb,实验时间缩短55%
----灵敏度更高,合成力更强
----可兼容广泛的GC含量和产物长度/KAPA SYBR
图2 Kapa 2G Fast DNA Polymerase扩增速度1 Kb/sec,较野生型热启动酶扩增时间减少55%
以其为核心成分的KAPA2G Fast Multiplex Mix和KAPA SYBR 2G Fast Mix便是其代表作
KAPA2G FAST MULTIPLEX
快速、高效的多重PCR MIX
---高特异性,无偏向性—实现所有扩增子的均一扩增
---更高的灵敏度和产量
---反应更快-- PCR反应时间缩短75%
图1 与竟品进行12重PCR反应比较,KAPA2G FAST MULTIPLEX表现出更好的均一性、高产量及高速度
图1 与竟品比较,KAPA2G FAST MULTIPLEX反应速度更快,反应时间缩短75%
KAPA SYBR FAST qPCR master
对SYBR Green I染料具有耐受性,具有更高的合成能力和合成速度。
---灵敏度更高:尤其适用于低拷贝数样本或珍贵样本
---合成速度更快:使用快速PCR流程,可以使实验时间缩短55%
---合成能力更强:兼容更广泛的GC-, AT-含量和扩增子长度
图3 针对高/ 低GC 含量的模板,KAPA SYBR 2G Fast 相比竞争产品, 扩增效率更高, 线性更好
Kapa 2G Robust DNA聚合酶
---更强的合成能力,用于解决广泛扩增子类型(富含GC或AT)的不一致扩增问题
---提高了对一般抑制剂的耐受性,适合于挑战性PCR应用和困难样本的扩增
---显著降低使用多种酶和扩增方案的优化难度,灵敏度更高
图4 对于富含GC 或AT 的靶标DNA,KAPA2G Robust DNA 聚合酶可以增加PCR 成功率
Kapa Long Range DNA聚合酶
---结合了Taq DNA 聚合酶和古生菌(B-family) DNA聚合酶的优势
---通过定向改造,拥有高保真的特性
---可以扩增长达15Kb的DNA片段,适用于超长序列的扩增
---具有高灵敏度、高产量的优势
Roche Kapa Biosystems通过“直接进化”技术,定向改造了种类十分丰富的适用于多种不同实验目的的生物酶,各有特点,可以满足不同的客户需求,且Kapa的系列产品可以适用于市场上现有的各类PCR/Real-time PCR仪器。
默克自2015年成为罗氏生化试剂的全球独家代理,并于2017年扩大代理协议,增加对KAPA PCR/qPCR产品及罗氏自有核酸提取、qPCR产品的代理。购买kapa 试剂,来默克!
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