重庆市(4)

1.重庆缙云山国家级自然保护区

2.重庆大巴山国家级自然保护区

3.长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*

4.重庆金佛山国家级自然保护区

四川省(22)

1.四川龙溪－虹口国家级自然保护区

2.四川白水河国家级自然保护区

3.四川攀枝花苏铁国家级自然保护区

4.四川画稿溪国家级自然保护区

5.四川王朗国家级自然保护区

6.四川唐家河国家级自然保护区

7.四川马边大风顶国家级自然保护区

8.四川长宁竹海国家级自然保护区

9.四川蜂桶寨国家级自然保护区

10.四川卧龙国家级自然保护区（直属国家林业局；参见卧龙特别行政区）

11.四川九寨沟国家级自然保护区

12.四川小金四姑娘山国家级自然保护区

13.四川若尔盖湿地国家级自然保护区

14.四川贡嘎山国家级自然保护区

15.四川察青松多白唇鹿国家级自然保护区

16.四川亚丁国家级自然保护区

17.四川美姑大风顶国家级自然保护区

18.长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*

19.四川米仓山国家级自然保护区

20.四川雪宝顶国家级自然保护区

21.四川花萼山国家级自然保护区

22.四川海子山国家级自然保护区